История гандбольного клуба "Пермские медведи" ведёт свой отсчет с 1999 года. Именно тогда семнадцатилетние воспитанники тренера Игоря Пастухова впервые обратили на себя внимание специалистов из других регионов, заняв 7 место в Первенстве России.
Команды мастеров в то время в городе не было, и дальнейших перспектив роста в нашем регионе у юных игроков не было. На основе этой команды было решено создать новый профессиональный коллектив. Тем более, что с 1993 года уже существовал Пермский гандбольный клуб, который на тот период практически заменял функции спортивной федерации. Учредителями стали: Президент Клуба спортивных единоборств Владимир Нелюбин, старший тренер команды Игорь Пастухов, начальник команды Алексей Никифоров и еще 5 человек, неравнодушных
к гандболу.
В 2000 году была создана Пермская федерация гандбола, в этом же году пермяков приняли в состав Союза гандболистов России, а команда стала носить название "Пермские медведи". С января 2008 года команда по гандболу "Пермские медведи" преобразована в самостоятельную организацию – ПКОО "Гандбольный клуб Пермские медведи" и по-прежнему входит в спортивный холдинг под руководством В.Нелюбина.