История гандбольного клуба "Пермские медведи" ведёт свой отсчет с 1999 года. Именно тогда семнадцатилетние воспитанники тренера Игоря Пастухова впервые обратили на себя внимание специалистов из других регионов, заняв 7 место в Первенстве России. Команды мастеров в то время в городе не было, и дальнейших перспектив роста в нашем регионе у юных игроков не было. На основе этой команды было решено создать новый профессиональный коллектив. Тем более, что с 1993 года уже существовал Пермский гандбольный клуб, который на тот период практически заменял функции спортивной федерации. Учредителями стали: Президент Клуба спортивных единоборств Владимир Нелюбин, старший тренер команды Игорь Пастухов, начальник команды Алексей Никифоров и еще 5 человек, неравнодушных
к гандболу.

В 2000 году была создана Пермская федерация гандбола, в этом же году пермяков приняли в состав Союза гандболистов России, а команда стала носить название "Пермские медведи". С января 2008 года команда по гандболу "Пермские медведи" преобразована в самостоятельную организацию – ПКОО "Гандбольный клуб Пермские медведи" и по-прежнему входит в спортивный холдинг под руководством В.Нелюбина.

С 2000 г команда "Пермские медведи" выступает в высшей лиге чемпионата России среди мужчин по гандболу. За это время команда поднялась с 23 места (из 25 команд) в сезоне 2000-2001 г. до серебряных призёров в сезонах 2005-2006 г., 2006-2007 г. и первого места в чемпионате России среди команд высшей лиги в 2009 г. С 2009 г. "Пермские Медведи" вошли в российскую Суперлигу, где выступают 12-ть сильнейших клубов страны. Этот успех совпал с приходом на пост Президента ГК "Пермские медведи" двукратного олимпийского чемпиона заслуженного мастера спорта Александра Тучкина. С тех пор легендарный советский и российский игрок трудится на благо пермского гандбола.

Первый сезон на высшем национальном уровне получился сложным, после окончания предварительного этапа нашей команде пришлось играть в турнире за выживание. Задачу продления прописки в Суперлиги "медведи" решили успешно, заняв 10-е место.

В межсезонье тренерский штаб команды пополнил ещё один олимпийский чемпион Лев Воронин. Наш клуб является изобретателем ноу-хау российского гандбола - у нас нет главного тренера. На равных правах трудятся один из родоначальников клуба Игорь Пастухов и Лев Воронин. Тренерский тандем поднял "медведей" в следующие два сезона на небывалую высоту.

Результат в чемпионате был одним и тем же - 7-е место. И оба раза в серии за 7-8 места мы побеждали челябинский "Локомотив". Зато в Кубке России в сезоне 2011/12 наши ребята выступили настолько успешно, что завоевали первую в истории клуба путёвку в еврокубок. "Пермские медведи" дошли до финала, где уступили "Чеховским медведям". Так как подмосковная команда являлась действующим чемпионом страны
и выступала в Лиге Чемпионов, пермские гандболисты получили право представлять Россию во втором по силе европейском клубном турнире Кубке ЕГФ. И в сентябре 2012-го "Пермские медведи" провели первые официальные матчи на международной арене.

Начиная с сезона 2012/13 команда постоянно участвует в "медальных" раундах плей-офф. Правда, в первой в своей истории "бронзовой" серии весной 2013-го "медведи" уступили в 3-х матчах краснодарскому "СКИФу"
(1-2), остановившись в шаге от пьедестала. Но в следующем сезоне успех отпраздновали сразу в двух национальных турнирах. "Финал четырёх" Кубка России пермяки принимали дома и, одолев в серии пенальти "Чеховских медведей", а в решающем матче обыграв "Университет" из Санкт-Петербурга, завоевали трофей. А чуть позже положили в Кубок первые свои "бронзовые" медали. Вновь противостояние за 3-4 места завершилось со счётом 2-1. Но, во-первых, на этот раз был другой соперник – волгоградский "Каустик-ВГАФК ", а во-вторых, исход в пользу "медведей".

2014-ый год также ознаменовался сменой в президентском кресле. Двукратный олимпийский чемпион, заслуженный мастер спорта Александр Тучкин стал почётным президентом ГК "Пермские медведи", а его место занял пермский предприниматель Александр Кириленко.

Весной 2015-го "Пермские медведи" впервые взяли "серебро" национального чемпионата. Изменилась схема проведения первенства. После окончания предварительного этапа, шестёрка сильнейших команд провела ещё один "гладкий" двухкруговой турнир с учётом всех набранных ранее очков. "Медведи" пермские уступили в этом марафоне только медведям "чеховским". Все 3 еврокампании, начиная с осени 2012-го, наш Клуб провёл в одном турнире – Кубке ЕГФ и все 3 раза заканчивал свой путь в квалификационных раундах.
В 2012-ом и 2014-ом добирался до 3-го круга, а в 2013-ом – до второго.